Le cinquième Hokage a, dans la seconde partie, l'expérience de sa fonction et ses colères sont craintes de tous ses collaborateurs. Tant mieux, car après une période de calme la tempête approche: l'Akatsuki est en mouvement et seul le pays du feu est en mesure de les arrêter. Tsunade doit également composer avec le conseil de Konoha, qui voit d'un mauvais œil les missions dangereuses qu'elle confie à Naruto sachant qu'il est une cible, et se méfier de la division anbu « racine » dirigée par Danzo qui échappe à son contrôle. Elle peut cependant compter sur Shizune et Sakura, même si la première la déçoit quand elle avertit le conseil que Tsunade expose inconsidérément Naruto, selon elle. Tsunade n'hésite pas en effet à envoyer l'équipe Kakashi au Pays du Sable puis au Pays de l'Herbe. Pour lutter contre l'Akatsuki, Tsunade a formé 20 groupes de 4 ninjas d'élite. Le succès sera au rendez-vous, au prix de la mort d'Asuma.

        L'Hokage souffre toutefois de rester en retrait, pendant que Jiraya va risquer sa vie au pays de la pluie, et est très attristée d'apprendre sa mort. Elle cache toutefois ses sentiments pour continuer à diriger efficacement le village de la feuille. Lors de l'attaque de Pain, elle fait de son mieux pour protéger les villageois au prix d'une grosse dépense en chakra, mais à son grand désespoir elle ne peut empêcher la destruction du village. La dépense de chakra lui fais perdre connaissance et la plonge dans le commas. C'est alors que dans l'urgence le conseil désigne Danzo comme nouveau Hokage.

Techniques:

- Shōsen Jutsu (Technique de la Paume Mystique):

Ce jutsu est une technique médicale universelle employée par le médecin-ninja pour guérir des blessures et pour exécuter la chirurgie.

- Infūin Kai (Rupture du sceau):

Tsunade a scellé une grande quantité de chakra au niveau de son front. Elle peut ainsi le relâcher au moment opportun pendant un combat pour soigner ses blessures ou celles des autres.

- Sōzō Saisei (La création et le renouveau):

Cette technique a été développée en secret par Tsunade. Elle utilise un sceau qui réduit sa vie mais augmente ses capacités puis applique le Jutsu afin de refermer les plaies et guérir ses organes vitaux.

- Tsūten Kyaku (Coup de pied de la déesse):

Un coup de pied dans le sol capable de bouleverser la structure du terrain.

- Ōkashō (Explosion de la fleur de cerisier):

Un coup de poing surpuissant appris à Sakura

- Kuchiyose no jutsu (Invocation):

Tsunade invoque les limaces; son invocation principale est Katsuyu.

- Ran Shin Shō (Perturbation des impulsions du corps):

Tsunade envoie des impulsions électriques dans le système nerveux de l'adversaire. Cette technique a pour effet de perturber les signaux nerveux dans le corps de l'adversaire qui ne peut plus se mouvoir correctement (en essayant de bouger une partie du corps, c'est une autres qui agit).

- Chikatsu Saisei no Jutsu (Régénération des cellules):

Technique apprise à Shizune, permet de régénérer des cellules suite à une blessure grave.

- Saikan Chūshutsu no Jutsu (Technique d'extraction des cellules endommagées):

Cette technique, transmise à Sakura, sert à éradiquer du poison en l'enlevant du corps grâce à une « bulle » de chakra .

- Isshi Resshin (Tremblement d'un doigt):

Tsunade concentre énormément de chakra dans un doigt et le relâche en un seul coup quand son doigt touche la cible. Le coup est tellement fort que le receveur peut partir de plusieurs mètres en arrière en résistant au coup.