On retrouve Kabuto, dans la seconde partie, en tant qu'espion de Sasori auprès d'Orochimaru. Mais il s'agissait en réalité d'un piège d'Orochimaru dans lequel tombe l'équipe 7 dirigée par Yamato venue au rendez-vous sur indication de Sasori. Heureusement pour eux, Kabuto et Orochimaru préfèrent les laisser en vie pour combattre l'akatsuki.

        Toujours au service d'Orochimaru, Kabuto a fort à faire pour maintenir en vie son enveloppe actuelle en attendant celui de Sasuke, en plus de ses expériences morbides. Après la mort d'orochimaru, il se sentira perdu avant de se greffer une partie du corps d'Orochimaru pour tenter de se dépasser et "trouver sa voie", ce qui le rend plus dangereux que jamais, sa froideur habituelle se teintant de folie.

Techniques:

- Shosen no Jutsu (Paume Mystique):

Ce jutsu est le jutsu médical de base, il permet de soigner les blessures voire de créer un scalpel de chakra qui peut être utilisé dans un but offensif.

- Shikon no Jutsu (Technique de l'Ame Morte):

Ce jutsu permet de ranimer momentanément un mort, souvent utilisé en combinaison avec la métamorphose.

- In'Yu Shometsu (Technique de Régénération Secrète):

En concentrant son chakra à un endroit par anticipation Kabuto peut se régénérer instantanément. Cette technique utilise toutefois beaucoup de chakra. C'est l'une des capacités de Kabuto qui a suscité le plus d'intérêt de la part d'Orochimaru.

- Kuchiyose (Invocation):

L'invocation de Kabuto fait apparaître des serpents.

- Nehan Shoja no Jutsu (le Temple du Nirvana):

Cette illusion permet d'endormir un très grand nombre de personnes, mais on peut néanmoins la briser avec suffisamment d'expérience en Genjutsu.